阿笠博士家的洗浴设备坏掉了，因此柯南、小兰和小哀一起去了浴池。柯南却在浴池里不慎滑倒并晕了过去。有两名奇怪的男子自称愿意带柯南去医院，带柯南上了他们的车。其中一名面相凶恶、纹有纹身的男子名叫龙，另一名男子虽然没有自报姓名，其身份却是传说中的杀手近藤！其实这两人来到温泉是为了完成一项隐秘的任务。他们认为柯南在怀疑他们并且已经察觉到了什么，于是决定把柯南带走并除掉。然而柯南睁开双眼时，却因为头部受到碰撞而失去了记忆。

时间设定在明治时期的新撰组。组员中的3个人都是女孩——性格大跳、男孩子气、无厘头却有着悲伤往事的组长近藤勇子；为了讨伐父亲的敌人：山县有朋而秘密加入新撰组的土方岁绘；性格外向，会使阴阳术和耍二刀流的高手冲田熏。OVA剧情：唯一的一个为了为了还债而不得不加入新撰组的弓月·新太郎——自感正义但是脾气温顺，身兼参谋和帐务的职务。TV剧情：在明治的新京都，佩戴着[许可证]的妖怪也在四下飞奔，在得到由官方发放的许可证后，可以和人类一起生活。其中，有一个专门逮捕没有得到许可证的妖怪人，以此来捍卫京都的治安的集团在奋斗

在东京生活的江东佳奈为了照顾受伤的舅公只身来到了京都。在京都生活多年的舅公大贺茂给了外甥女一份自己精心手绘的地图方便她在京都出行。这幅地图记录了一个对父辈而言韵味十足，对年轻人而言新奇特别的京都。谈笑风生，闲情漫步，只有小住片刻才能感受到京都深处的风情。在不同的地方遇到不同的人，佳奈在舅公手绘地图的指引下，渐渐放下心中防备，融入京都。

20世纪90年代，背负着悲惨过去的大学毕业生半泽直树（堺雅人饰）如愿进入产业中央银行。进入21世纪，产业中央银行与东京第一银行合并为东京中央银行，此时半泽任大阪西分店的融资课课长，而一场高达5亿日元贷款诈骗事件，却将他逼到事业的悬崖边。有如螳臂当车、逆流而上的战斗，半泽能否凭一己之力改变这冷漠腐化的现状？