铃木财团最新的高级酒店落成，小兰（黑川智花 饰）、阿笠博士（田山凉成 饰）、柯南（藤崎直 饰；高山南 配音）、灰原哀（柴田幸花 饰；林原惠美 配音）受到园子（岩佐真悠子 饰）的邀请出席了隆重的开幕仪式。与此同时，“日本小姐”评选大赛庆功宴也在酒店同期召开，可就在此前不久，针对日本小姐获奖者寿可怜（奈都纪 饰）的威胁书送到了负责人的手中。当所有人都高度紧张的时刻，可怜突然失踪，当她再次出现在众人面前时，却已被杀害，以提线木偶般的恐怖形象登场。诡异的是，柯南和哀在吃了某个蛋糕后神奇地恢复成工藤新一（小栗旬 饰

拥有超级芯片的特工熊贝肯，梦想成为独当一面的金牌特工，然而特工局并不放心将任务交给一只北极熊去执行。贝肯为了证明自己的能力，贸然执行任务，误入陷阱，却因此失去了宝贵芯片。变成普通北极熊的贝肯立志夺回芯片，却阴差阳错被粉丝小海豹缠上，无奈的他只好带着小海豹踏上寻找芯片的冒险旅程。不过这一切并不如贝肯想象中的顺利，他们需要躲避特工局的追查、闯过丛林伙伴的考验，以及面对拿走芯片的邪恶势力。历经曲折艰辛，在小海豹的鼓励下，贝肯终于找到自己与生俱来的力量，并领悟特工的真谛。